Multiples expériences en gendarmerie. Alain Faugeras était - depuis 2005 - conseiller "gendarmerie" et chef de la section "gestion des crises civiles" à la Représentation permanente (RP) française auprès de l'UE à Bruxelles. Après deux années de classes préparatoires à Saint-Cyr, au collège militaire d'Autun, en 1975, et une période d'officier de réserve dans les troupes aéroportées, arme du Train, Alain Faugeras s'oriente complètement dans la gendarmerie. Après l'école de gendarmerie nationale de Melun (1979), il prend des commandements successifs d'une section au 1er RI de la garde républicaine (1981), puis d'un peloton motorisé de Versailles (1984, et de la compagnie de Saint-Pierre - Ile de la Réunion (1988). En 1991, il est officier d'état-major au commandement de la gendarmerie des transports aériens (1991), sert à l'Etat-major interarmées de planification opérationnelle de Creil. il commande le groupement de gendarmerie mobile d'Aubervilliers (1998), puis celui de la gendarmerie départementale d'Ajaccio - Corse du Sud (2000).
Il a participé à plusieurs opérations extérieures - dans ces différentes fonctions : en ex-Yougoslavie (au titre de l'IFOR - SFOR) et en Albanie (opération Alba); avant d'être détaché à Bruxelles à la RP.
La mission Eubam. Mise en place à la suite des accords entre Israël et l’Autorité palestinienne, la mission "Eubam Rafah" de surveillance du point de passage de Rafah a très vite subi le changement politique après la victoire du Hamas aux élections en janvier 2006 et le boycott de Gaza par Israël, les Etats-Unis et l'Union européenne. Entre juin 2006 et juin 2007, le point de passage – fermé en temps normal – a pu être ouvert à plusieurs reprises de façon exceptionnelle. Ce qui avait permis à 165 000 de transiter. Depuis juin 2007, la mission est suspendue jusqu’à nouvel ordre. Elle comptait jusqu'à peu encore 27 personnes. Elle n'en comptera qu'une quizaine désormais. Malgré le blocage complet, et la mise au chômage technique forcé de la mission, l'UE persiste cependant à maintenir opérationnelle la mission (... à ne rien faire). Question de principe assure-t-on chez le Haut représentant. On ne sait jamais. L'UE est « prête à redéployer son personnel au point de passage de Rafah, dès que les conditions le permettront » est le leitmotiv officiel.
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